Azután, hogy anyjukat elvesztették, Alphonse és Edward Elric megfogadják, hogy visszahozzák a halálból. Ezt nem máshogy szeretnék elérni, mint az alkímia tudományával. Azonban az alkímia ezen ága (ember alkímia) tabunak számít, és nagy veszélyekkel jár. A testvérpár elkövet egy kisebb hibát a szertartás közben (ez a fajta alkímia nem olyan, mint a mi világunkban, itt nem laborokban dolgoznak az alkimisták, hanem transzmutációs köröket alkotnak és így változtatják meg az anyagot), és a baj be is következik. Ed "csak" egyik karját és lábát veszíti el, míg Al az egész testét. Ed képes Al lelkét egy régi páncélba belementeni, így testvére is megmenekül a teljes megsemmisüléstől. Évekkel később a testvérpár elhagyja szülőházát és nekivág a világnak.
Ed, kinek nagy tehetsége van az alkímia terén, nemzetközileg elfogadott alkimistává válik és úgy ismeri meg mindenki, mint "Fullmetal Alchemist"-et. A céljuk azonban nem az, hogy ismertek legyenek...korántsem. Szeretnék megtalálni a Bölcsek kövét, ami segítene visszaalakítani testüket az eredeti formába. Minden reményük ebben a kőben van, ami talán nem is létezik. Azonban hamar rá is ébrednek, hogy nem csak ők szeretnék megtalálni a misztikus követ...